Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио снова оказывается в центре событий. На этот раз ему противостоит опасный союз — коварные Варио объединились с Боузером-младшим. Их цель проста и ужасна: подчинить себе весь мир. Марио не одинок — верные друзья и неутомимый Йоши готовы помочь. Вместе им предстоит найти способ сорвать зловещие замыслы врагов и не дать им установить свою власть.